В случае, когда основное место работы сотрудника находится в одном филиале организации, а в другом филиале он оформлен как совместитель, перечислять НДФЛ и страховые взносы с его зарплаты должны оба филиала.

Источник: Письмо Минфина от 06.02.2018 № 03-04-06/6908

Конечно, при условии, что оба подразделения наделены полномочиями по начислению выплат в пользу физлиц.

При этом каждый из филиалов должен начислять и уплачивать взносы и НДФЛ только с тех сумм, которые сотрудник получил за работу именно в этом подразделении. Соответственно, 6-НДФЛ и расчет по взносам  в отношении выплат в пользу такого работника-«многостаночника», также должны представлять в ИФНС оба филиала.