Если субподрядчик не выполнил (выполнил не полностью) предусмотренные договором работы и перечислил подрядчику сумму компенсации возникших из-за этого убытков, включать эту сумму в НДС-базу подрядчик не должен.

Источник: Письмо Минфина от 22.02.2018 № 03-07-11/11149

Дело в том, что обложению НДС подлежат полученные налогоплательщиком денежные средства, связанные с оплатой реализуемых товаров (работ, услуг). А суммы, не связанные с оплатой товаров (работ, услуг), подлежащих  обложению НДС, в налоговую базу не включаются.

А поскольку компенсация убытков, выплачиваемая субподрядчиком за невыполнение работ в полном объеме, с реализацией товаров (работ, услуг) не связана, то объекта обложения НДС не возникает.